W XIII w. klasztor został samodzielnym opactwem, a dzięki darowiznom władców, rycerstwa i szlachty stał się w późniejszych wiekach jednym z bogatszych klasztorów na ziemiach polskich. Cystersi z Wąchocka przyczynili się do rozwoju przemysłu nad Kamienną, zakładając kopalnie i zakłady metalowe w Bzinie, Mostkach, Parszowie, Wąchocku i Starachowicach.

Miasteczko i klasztor kilkakrotnie były niszczone przez pożary i najazdy obcych wojsk, m.in. w latach 1259‒1260 przez Tatarów, w czasie potopu szwedzkiego i w 1657 przez wojska Jerzego Rakoczego. Klasztor został skasowany w 1819, a budynki i pozostałe dobra przeszły na własność państwa. Zakonnicy wrócili do klasztoru w 1951, który w 1964 podniesiony został ponownie do rangi opactwa.