Następnie oba organy podjęły decyzję o skierowaniu wniosków do ZSRR o włączeniu terytoriów odpowiednio Białoruskiej i Ukraińskiej do socjalistycznych republik radzieckich. Władze sowieckie wprowadziły oraz przystąpiły do depolonizacji okupowanego terytorium, a w ramach tego dokonano eksterminacji przywódczych grup społeczeństwa polskiego, czyli ziemiaństwa i inteligencji. Przeprowadzono masowe deportacje w głąb ZSRR rodzin inteligenckich, wojskowych, policji i bogatszych rolników, zarządzono zmiany kulturowe i ekonomiczne. 

Niemcy włączyli część okupowanych ziem polskich w granice administracyjne Trzeciej Rzeszy, a z pozostałych, znajdujących się pod kontrolą trzeciej Rzeszy, utworzyli Generalne Gubernatorstwo.