Kołaczyce wraz z kilkoma okolicznymi wsiami należały do opactwa tynieckiego, którego były własnością do I rozbioru Polski. W 1546 r. był wielki pożar w Kołaczycach. Po zniesieniu Opactwa Benedyktynów w Tyńcu, po pierwszym rozbiorze Polski rząd austriacki wydzierżawił te dobra osobom prywatnym. Od tego czasu miasto Kołaczyce zmieniało właścicieli. Pierwszym był Paweł Kmita Chorzewski. W 1779 r. miasto wraz z innymi wsiami zostało sprzedane za 80 000 florenów i 59 koron Karolowi Ederowi, Janowi obojga imion, Jakubowi baronowi Boesmerowi i Friesowi. Towarzystwo to z kolei odsprzedało z kolei Kołaczyce i Nawsie Kołaczyckie wraz z innymi jeszcze wsiami Achillesowi Johannotowi za 80 000 zł w 1811 r. W ten sposób Kołaczyce stały się miastem prywatnym.

Pomimo częstych zmian właścicieli w miasteczku rozwijał się handel i rzemiosło. Już pod koniec XVIII w. Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki w swym „Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi” podawał: Kołaczyce. Całe miasto i z kościołem drewniane., fabryką ganczarską glinianych naczyń kołaczyckich zwanych sławne, któremi na galarach handlują do Warszawy, Torunia i Gdańska, oraz i jajami ztąd jest handel ich[5].

Latem w 1884 roku powiat jasielski i okoliczne miejscowości obiegła '„wiadomość o spaleniu się miasteczka Kołaczyce...” Spłonęło wówczas 86 domów mieszkalnych i 20 stodół, a 125 rodzin poniosło straty szacowane na 246 374 złr. Powstał Komitet Pomocy Pogorzelcom pod przewodnictwem proboszcza z Kołaczyc, ks. kan. Textorysa w składzie: Jędrzej Slęzak, Stanisław Dutkiewicz, Paweł Śliz (burmistrz), Jan Kiełbasa, Marcin Falarz i Jan Matuszewski.

Podczas okupacji hitlerowskiej, w 1941 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 500 Żydów. 12 sierpnia 1942 roku getto zostało zlikwidowane; 300 osób zostało zamordowanych w lesie w Kowalowkach oraz kilkudziesięciu w Krajowicach koło Jasła a pozostali zostali wywiezieni do getta w Jaśle, a stamtąd do obozu zagłady Bełżcu i tam zamordowani.

Prawa miejskie straciły Kołaczyce w 1919 roku. Ponownie odzyskały je 1 stycznia 2010 roku, stając się drugim po Jaśle miastem powiatu jasielskiego.