Być może takim oglądalibyśmy go do dziś, gdyby nie Krzyżacy. W 1329 roku ten niemiecki zakon zaatakował i spalił świątynię. Zostały po niej tylko kamienie. Co ciekawe, przetrwały one do naszych czasów. Tkwią w murach kamienicy przy ulicy Bednarskiej, czego dowiodły niedawne badania archeologiczne.

W 1340 roku, tym razem nieco dalej od rzeki, zaczęto budować nową katedrę. Miała być większa, trwalsza a przede wszystkim – gotycka, co w tamtym czasie na ziemiach polskich było zupełną nowością. 

W 1907 roku świątynię podniesiono do rangi bazyliki mniejszej. Tytuł ten nadaje papież kościołom wyróżniającym się wartością zabytkową, liturgiczną, pielgrzymkową i duszpasterską. 

Nasza bazylika to centrum duchowe diecezji. Najpierw kujawskiej, potem kujawsko-pomorskiej, kujawsko-kaliskiej… wreszcie – włocławskiej. Tu bije serce Kościoła tego regionu.