Bazylika jest także centrum kulturalnym i turystycznym. Coroczne Olsztyńskie Koncerty Organowe przyciągają melomanów z całego świata, oferując niezapomniane wrażenia muzyczne w przepięknej scenerii gotyckiej architektury. To oczywiście także zasługa odrestaurowanych organów. Na przełomie XIX i XX wieku grał na nich wybitny kompozytor Feliks Nowowoiejski.

Najtrudniejszym okresem dla świątyni okazał się bowiem wiek XIX. Wtedy niemal doszczętnie zniszczono jej wyposażenie. Doszło do tego zimą 1807 roku, kiedy napoleońskie wojska zamknęły we wnętrzu kościoła około półtora tysiąca rosyjskich jeńców. Ci, w obronie przez siarczystym mrozem, spalili wszystko, co się tylko dało. Co więcej, wywołany przez nich pożar naruszył konstrukcję budowli, przez co w 1819 roku zawaliło się jej sklepienie. Do odbudowy świątyni doszło dopiero w II połowie XIX wieku, a potem systematycznie następowały kolejne renowacje.