Klasztor został ufundowany w 1286 r. przez margrabiów brandenburskich. Do miejsca nazwanego Lasem Maryi w 1294 r. przybył konwent z Kołbacza. W latach 1296-1326 na wzgórzu nad Jeziorem Starzyckim zbudowany został zwarty kompleks klasztorny w stylu gotyckim. Do czasów współczesnych zachowało się prezbiterium, dwa przęsła kościoła oraz dwa skrzydła klasztoru na poziomie pierwszej kondygnacji.

Po 26 czerwca 1539 r. margrabia Jan Kostrzyński sekularyzował opactwo w Bierzwniku. Zespół klasztorny wszedł w skład domeny państwowej zorganizowanej statutem w 1546 r. Kościół przestał pełnić swą funkcję i ulegał powolnej dewastacji. Zabudowania poklasztorne zaadaptowano na potrzeby mieszkalne i gospodarcze domeny.

Obecnie w obiektach poklasztornych znajduje się parafia rzymskokatolicka pod wezwaniem Matki Bożej Szkaplerznej. Od 2001 r. trwa rewitalizacja kościoła i zespołu klasztornego.

Od 2007 r. dawny klasztor cystersów w Bierzwniku jest członkiem Karty Europejskiej Opactw i Miejsc Cysterskich.