Pierwszy murowany kościół ufundowany został przez biskupa wrocławskiego Jarosława Piasta. Konsekrowany był w roku 1198. Kamienna, romańska budowla została zniszczona już wiosną 1241 roku, podczas najazdu mongolskiego. Jej filary i pozostałości odkryto po wielkiej powodzi z 1938 roku, w podziemiach dzisiejszej świątyni.  Obecny kościół powstawał w latach 1424-1430, gdy decyzję o finansowaniu odbudowy i rozbudowy świątyni podjęli miejscy rajcy. Do kierowania pracami najęli architekta Piotra z Frankenstein, czyli dawnych Ząbkowic Śląskich. Ten, wykorzystując częściowo między innymi fundamenty romańskiej świątyni, wzniósł obecną, gotycką bazylikę.Przez kolejne wieki nyska bazylika wielokrotnie płonęła, niszczała i była odbudowywana. Mimo to jej charakterystyczna sylwetka pozostała niezmieniona. Kataklizmem, który dotknął zabytek najbardziej, była II wojna światowa. Ogień zniszczył wtedy całkowicie dach, szczyt zachodni, dwie boczne kaplice, witraże czy organy. Zdewastowano też wnętrze świątyni. Podnieść kościół z tych zniszczeń było niezwykle trudno. Odbudowa trwała do roku 1961, a prace konserwatorskie właściwie do dziś. Co w Nyskiej świątyni na pewno warto zobaczyć? Szereg niższych, gotyckich kaplic, ośmioboczne barokowe baptysterium czy krzyżowo – żebrowe sklepienia. Jest tu również zespół pięknych krat pochodzących z warsztatów nyskich oraz jeden z najbogatszych na Śląsku zbiorów epitafiów i pomników nagrobnych. A tuż obok kościoła stoi okazała, czterokondygnacyjna wieża, która pełni funkcję dzwonnicy. Jej budowa trwała od roku 1474 aż do 1548. Nigdy nie została ukończona. Dzisiaj kryje w sobie Skarbiec św. Jakuba.