Bardzo bogaty, późnobarokowy jest też wystrój kościoła. Są tu obficie zdobione ambony, niezwykłe cykle obrazów i malowideł ściennych, strojne figury świętych i rzeźby. Jest też późnobarokowy ołtarz z 1730 roku, wykuty z różnych odmian marmuru, rzeźbiony z lipowego, złoconego drewna. To dzięki temu wystrojowi świątynia określana jest mianem perły Śląskiego Rzymu - jak przed wiekami nazywana była Nysa.
Wrażenie robią też tutejsze malowidła. To na sklepieniu świątyni namalowali w roku 1730 bracia Tomasz Krzysztof oraz Feliks Antoni Schefflerowie, którzy do Nysy przybyli aż z Monachium. Niemal wszystkie te obrazy mają jeden, najważniejszy temat: krzyż - narzędzie męki Chrystusa i źródło ludzkiego zbawienia.
W zachodniej części nawy głównej można dojrzeć niezwykłą scenę: znalezienia i wywyższenia Krzyża Świętego unoszonego przez anioły. Towarzyszą im święta Helena, cesarz Konstantyn Wielki, ale i papieże, biskupi, zakonnicy. Artyści tak stworzyli malowidło, że namalowany w centralnym miejscu sklepienia krzyż z każdego miejsca świątyni wygląda, jakby wisiał pionowo.